La première mention d’un canal à travers l’isthme remonte à 1534, quand Charles Quint suggéra qu'un canal à Panamá aiderait le voyage des navires allant au Pérou et en Équateur. Le projet Darién était tenté par le royaume d’Écosse en 1698 pour créer une route de commerce sur terre, mais a été abandonné en raison des conditions inhospitalières en 1700. Finalement, le chemin de fer du Panamá fut construit et ouvert le 27 janvier 1885. Ce fut le premier chemin de fer transcontinental. Ce lien sur terre facilita grandement le commerce et constitua un élément important de l’établissement du canal pour par exemple, le transport du matériel.

   

Une route maritime entre les océans était toujours vue comme la solution idéale : un canal au Nicaragua a été envisagé plusieurs fois. Finalement, suite au succès du canal de Suez, les Français, sous la direction de Ferdinand de Lesseps qui avait réalisé ce dernier, commencèrent la construction d’un canal au niveau de la mer (sans écluses) au Panamá en 1882. Cependant la fièvre jaune, ainsi que la difficulté de domestiquer le Rio Chagres qui connaissait régulièrement des crues dévastatrices et tout aussi meurtrières durant la saison des pluies, mettrons à mal le projet, causant de graves difficultés financières qui déboucheront sur la mise en faillite de la compagnie en 1889, déclenchant ainsi le fameux Scandale de Panamá. Le Traité Hay-Bunau-Varilla de 18 novembre 1903 conclut ainsi la vente des droits d'exploitation et de construction du canal de Panamá aux États-Unis, ainsi que de la zone autour de celui-ci.

Le Corps des ingénieurs de l'armée des États-Unis élabore alors un nouveau projet impliquant la construction de trois ensembles d’écluses et la création d’un lac artificiel, le Lac Gatún. Après plus de dix années supplémentaires de travaux, le canal est enfin achevé et inauguré le 15 aout 1914. La Zone du canal restera sous administration américaine jusqu'en 1979, date à laquelle elle sera rétrocédée au Panamá en vertu des Traités de Torrijos-Carter.

Bien que rétrocédé au Panamá, le canal est toujours considéré comme une voie d’eau intérieure par les États-Unis : il est ainsi prévu dans le traité de rétrocession que les navires battant pavillon américain ont une priorité de passage sur les autres. Le canal de Panamá est, selon l’American Society of Civil Engineers (l’association américaine des ingénieurs en génie civil), l’une des sept merveilles du monde moderne.
    

Actuellement 5 % du commerce maritime mondial passe par le canal de Panamá. Les bateaux ayant la plus grande taille admissible dans le canal sont désignés sous l’appellation Panamax ; un nombre croissant de navires dépasse cette taille, ils sont appelés post-Panamax. En moyenne une traversée du canal par un cargo prend environ neuf heures. Le transit total depuis l’entrée du canal côté Pacifique jusqu'à la digue du côté Atlantique est de 76,9 km. Les droits de passage ont rapporté en 2006 1,4 milliards de dollars. Pour les porte-conteneurs, les droits dépendent du nombre d’EVP (conteneurs). En 2007, le droit était de 54 $ par EVP, un porte-conteneurs Panamax pouvant transporter jusqu'à 4 000 conteneurs. La plupart des autres navires doivent payer un droit selon leur tonnage. En moyenne 40 navires par jour traversent le canal. 

 

 

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